沙眼衣原体基因分型及omp1基因多态性研究
目的:研究从中国部分城市分离的沙眼衣原体临床株的基因型，通过测序及进化树分析Omp1基因的多态性，掌握中国Ct感染的流行病学特征，为Ct疫苗的研制及Ct感染的防治提供实验依据。
方法:从不同城市收集可疑的临床标本，用McCOY细胞培养，Ct阳性标本用于研究。按文献设计特异性引物，巢式PCR扩增MOMP约980bp的基因片段(包括四个变异区)，用内切酶AluⅠ、MspⅠ、EcoRⅠ、DdeⅠ酶切相应PCR产物，用3％琼脂糖凝胶及18％聚丙烯酰胺凝胶电泳分离。同时从GENEBANK中获得Ct各参考株的Omp1基因序列，用DNAstar软件分析目的片段的酶切位点，得到各参考株上述四种内切酶的酶切图谱。根据各参考株与临床株的酶切图谱，将临床株分型。随机选择部分临床株PCR产物双向测序，用Mega3软件构建进化树分析临床株与各参考株之间的亲缘关系。
结果:细胞培养301份阳性标本，PCR扩增出286份，其中湖南衡阳48例、上海32例、广州52例、广东江门154例。RFLP分型检测，共检出10个基因型，分别为E(30.8％)、J(23.8％)、D(17.5％)、F(10.5％)、G(6.2％)、H(3.5％)、K(2.8％)、Ba(2.1％)、Da(1.4％)和I(1.4％)型，并且不同城市间基因型的分布没有明显区别(P＞0.05)。
对其中86份标本测序，BLAST及进化树分析发现，测序分型结果与RFLP结果完全吻合，且发现28种基因变体，其中E、F型Omp1基因高度保守，而其它基因型都显示一定的变异性。进化树分析发现，沙眼衣原体主要分为三群，且临床株与各参考株之间遗传距离较近。
结论:成功地利用PCR-RFLP技术对中国南方部分城市沙眼衣原体临床株分型；中国部分城市Ct基因型的分布与全球其它地区分布基本一致，其中最常见的是E型，其次是J、D、F型；Omp1基因呈现较大的多态性，可以指导疫苗的研制及制定有效的防治措施。
沙眼衣原体;Omp1基因;基因多态性;限制性片段长度多态性分析;性病;非淋球菌性尿道炎
南华大学
硕士
病原生物学
吴移谋
2005
中文
R759.29;R394-33
53
2006-05-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）