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目录
第一章绪论
1．1引言
1．2农业对人类的影响
1．2．1农业社会人类的适应性变化
1．2．2农业对人类迁徙的影响
1．3农业对家养动物的影响
1．3．1农业对家养动物表型的影响
1．3．2农业对家养动物迁徙的影响
1．4人类和家养动物的平行进化
1．5研究家养动物对人类的重要性
1．5．1研究家养动物有助于人们了解表型和疾病的遗传基础
1．5．2研究家养动物有助于人类了解自身历史
1．6基因组时代家养动物的研究
1．7家犬研究现状
1．7．1家犬与人类之间跨物种的紧密联系
1．7．2家犬是研究表型和疾病的模式生物
1．7．3本论文的主要研究内容
第二章家犬起源于东亚南部
2．1引言
2．2实验材料与方法
2．2．1样品收集及测序
2．2．2序列比对及多态位点检测
2．2．3群体结构、系统发育关系和遗传多样性分析
2．2．5家犬起源不同模型的模拟分析
2．3结果
2．3．1样品收集和全基因组测序
2．3．2群体结构分析
2．3．3系统发育关系分析
2．3．4遗传多样性分析
2．3．5东亚南部是家犬唯一起源地
2．4讨论
第三章松狮基因组酶切测序文库的构建
3．1引言
3．2实验材料与方法
3．2．1松狮犬血液样品的收集和全基因组DNA的提取
3．2．2限制性内切酶的选取
3．2．3RAD测序引物和接头的设计
3．2．3PAD测序文库的制备
3．2．4RAD测序以及SNP位点检测
3．2．5RAD测序检测SNP位点的准确性及松狮样品亲缘关系分析
3．3结果
3．3．1选取Spel作为实验用酶
3．3．2RAD测序初步分析
3．3．3RAD测序检测SNP位点的准确性及亲缘关系分析
3．4讨论
第四章东亚地区家犬群体背景下的松狮起源研究
4．1引言
4．2实验材料与方法
4．2．1数据的收集
4．2．2序列比对和多态性位点的检测
4．2．3遗传多样性分析
4．2．4主成分分析、群体结构分析和连锁不平衡分析
4．2．5TreeMix分析和混合群体的检测
4．2．6群体历史的分析
4．2．7松狮基因组中受选择基因的检测及功能聚类分析
4．3结果
4．3．1样品收集
4．3．2基因组多态性
4．3．3主成分分析和连锁不平衡分析
4．3．4群体结构分析
4．3．5TreeMix分析
4．3．6群体历史分析
4．3．7人工选择基因的检测
4．4讨论
第五章展望
参考文献
附录
致谢
在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果