山核桃成花相关circRNA的挖掘与功能探究
circRNA是一类由mRNA前体反向可变剪切而来、通过细胞类型特异性表达以及组织特异性表达参与调控多个生命过程。山核桃属雌雄同株异花多年生乔木，雌雄花发育存在时空表达差异。为了探究山核桃雌雄花芽分化过程中circRNA的表达模式，本研究通过分别构建山核桃雌雄花芽未分化期、分化期和分化后期总共六个样本circRNA特异文库，使用链特异性双端150bp高通量测序技术获得山核桃雌雄花发育过程中circRNA的表达谱，差异circRNA靶miRNA互作进行预测，结合荧光定量PCR技术研究circRNA在雌花发育过程中的表达，并构建circRNA开花相关的调控网络图，主要结果如下: (1)雌花芽三个时期样本测序总共获得76.54G过滤后可用测试数据，以山核桃基因为参照，新鉴定4857条circRNA。通过CPM对其表达量进行归一化处理并对对来源基因进行注释，在4449条差异表达的circRNA中总共获得76条与开花相关的circRNA。 (2)雄花芽三个时期样本测序总共获得76.3G质控后干净的数据，使用相同的方法鉴定，总共获得5517条circRNA。CPM归一化处理表达数据后，在整一个雄花芽分化过程中，总共有2209条差异表达的circRNA，其中34条注释与开花相关。 (3)在花芽形成过程中，我们分别在雌花芽样本中预测得到10条不同miRNA，其中包含温度响应的miR164和miR399成员，231条差异circRNA预测能够通过吸附miR167参与调控FT互作蛋白的基因座。95条雄花芽差异表达circRNA预测与cca-miR408-3p、cca-miR2111a互作。 (4)雌花芽花发育相关差异表达circRNA的定量实验结果显示，大部分(8/12)检测circRNA（cca_circ_APRR5_b、cca_circ_FPA_i、cca_circ_HOS1_a等）与转录组表达分析预测趋势吻合。表明circRNA参与调控雌花芽发育过程。
山核桃;雌雄花发育;circRNA基因
浙江农林大学
硕士
林木遗传育种
王正加
2019
中文
S664.1;S601
2020-03-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）