三江平原菰遗传多样性研究
菰（Zizania latifolia Turcz.），宿根水生草本植物。经黑粉菌侵染后茎基部膨大形成茭白，是一种重要的水生种质资源，在育种实践中发挥着重要作用。三江平原野生菰种类繁多，但因过度开垦使得生物多样性遭到严重的破坏。为了明晰野生菰的遗传多样性和遗传结构，本文在优化菰的序列相关多态性（SRAP）反应体系的基础上，对三江平原9个居群的菰进行遗传变异、居群结构评估，以期为菰种质资源评价、遗传多样性分析及遗传图谱构建等相关的研究提供技术支持。主要结果如下: 1、菰SRAP-PCR反应体系的优化与建立为了有效利用SRAP标记研究野生菰资源的遗传变异，以长江中下游龙感湖(N30°13′48″，E116°15′40″)和三江平原黑龙江沿岸(N49°12′15″，E129°43′27″)2个居群菰的幼嫩叶片为试材，利用单因素分析法对影响菰SRAP-PCR扩增效果的Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、DNA模板和引物浓度等5种因素进行了优化。结果表明，适宜菰基因组的SRAP-PCR反应体系为1μL10×Buffer，0.5UTaqDNA聚合酶，2mmol·L-1 MgCl2，50 ng模板DNA，0.20 mmol·L-1 dNTPs，正向和反向引物浓度均为0.7 mol·L-1，共10μL。同时选取5对引物，利用该体系对72份菰样本进行PCR扩增，共获得132条清晰谱带，其中91条具有多态性，比率为68.9％，说明建立的反应体系谱带清淅，多态性高且稳定可靠，可用于进一步的遗传分析。 2、三江平原菰SRAP遗传多样性分析以三江平原9个居群野生菰（共206个样品）的嫩叶为试材，运用POPGEN和HICKORY version1.0软件计算每个居群的遗传多样性参数;采用TFPGA软件构建系统树，同时运用ARLEQUIN2.0和2MOD软件进行AMOVA分子变异和基因流-漂变平衡分析。对菰进行遗传变异、居群结构评估结果显示，利用5对引物扩增产生了344个条带，其中311条具有多态性（多态率为90.41％）。居群内高的近交率(FIS=0.793)导致遗传多样性水平比较低(Pp=58.8％，He=0.156，I=0.244)。通过几种不同方法验证的F统计量都一致，表明居群之间有较大的遗传分化（约为总遗传变异的30％）。由贝叶斯方法中FST和共祖模拟分析的F值计算的基因流都表明居群之间的基因交流较小(Nm=0.609，M=0.600)。由于生境的严重片断化，在菰居群中遗传漂变比基因流对遗传结构的影响更大。依据以上结果，我们认为对于现有基因组类型的菰都应该尽可能的进行保存。
菰;分子标记;PCR反应体系;遗传多样性;遗传分化
安徽农业大学
硕士
蔬菜学
陈友根
2014
中文
S645.2
40
2015-07-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）