太行鸡Agouti基因及其与若干生产性能的关联性分析
Agouti基因在畜禽的毛色合成过程中扮演着重要的角色。本文首先采用生物信息学分析方法，对来自15个物种的71条Agouti基因完整编码序列(CDS)进行遗传多样性分析、鸡Agouti基因启动子预测;然后，采用PCR扩增产物直接测序的方法，分别对Agouti基因3'UTR（太行鸡麻羽、黑羽、白羽，罗曼鸡，海兰褐鸡）和外显子4（太行鸡、灵山鸡×太行鸡）单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)筛查和遗传多样性分析，并采用SNPs基因型频率和单倍型等位基因频率相结合的方法，分析Agouti基因SNPs与鸡羽色、体尺指标、屠宰性能的相关关系。其目的就在于探讨Agouti基因的种间变异特征，预测鸡Agouti基因启动子;另一方面筛查鸡Agouti基因变异，研究其在不同羽色鸡群体中的多态性以及与生产性能的相关性，从而为鸡Agouti基因遗传多样性，太行鸡新品种的选育提供参考依据。
生物信息分析结果显示:物种间Agouti基因平均净遗传距离(Da)和核苷酸歧化度(Dxy)分别为0.2256和0.2145。Agouti基因在拉布拉多白足鼠（Peromyscus maniculatus）和羊驼(Lama pacos)中具有最大的遗传多样性。通过比较平均净遗传距离(Da)和核苷酸歧化度(Dxy)可知，哺乳动物与斑马鱼的亲缘关系比鸟类与斑马鱼的更近。鸡Agouti基因启动子预测的区域位于起始密码子上游2600bp-3000bp之间。
鸡Agouti基因3'UTR共发现9个变异位点(g.1554591C＞A、g.1554621C＞A、g.1554693T＞C、g.1554694G＞A、g.1554788C＞T、g.1554798A＞G、g.1554806C＞A、g.1554712T＞C和g.1554767C＞G），其中两个太行鸡个体中新发现的位点(g.1554712T＞C和g.1554767C＞G)为稀有突变。太行鸡麻羽和白羽个体的多态位点均处于哈代-温伯格平衡状态，但是黑羽个体除了位点g.1554806C＞A外g为不平衡状态。分析9个变异位点共得到6种单倍型，其中单倍型HAP1(AACATGATC)和HAP2(CCTGCAATC)为两种主要的单倍型，其他单倍型均是以上两种单倍型分化而成。分析显示，有6个变异位点(g.1554591C＞A、g.1554621C＞A、g.1554693T＞C、g.1554694G＞A、g.1554788C＞T和g.1554798A＞G)处于完全连锁状态，命名为“位点2”。变异位点基因型频率比较发现，不同羽色太行鸡间无显著差异(p＞0.05);在位点2上，太行鸡、罗曼鸡和海蓝褐鸡之间存在显著性差异(p＜0.01);在位点1(g.1554806C＞A)上，太行鸡黑羽和麻羽个体与罗曼鸡、海蓝褐鸡之间存在显著性差异(p＜0.05)。相关性分析结果显示，位点2与活体重和体尺（体斜长、胫长、骨盆宽、胸角、龙骨长和胫围）之间存在显著相关，与屠宰性能（胸肌率和翅膀率）也存在显著相关关系。
太行鸡(F0)和杂交一代（F1，灵山鸡×太行鸡）Agouti基因外显子4测序分析发现，F0中发现了10个变异位点，F1中发现了8个变异位点。在F0中除了位点g.1554779T＞G外所有位点均未处于哈代-温伯格平衡状态，F1中所有多态位点处于哈代-温伯格平衡状态。在混合群体中共发现了两个连锁位点(g.1554892G＞A和g.1554994T＞G)。对7个主要多态位点分析，共得到了7中单倍型，其中Hap5(TCATGTT)和Hap7(TTGCAGG)为两种主要单倍型。F0与F1之间的基因型频率除了位点g.1554779T＞G外，均存在显著性差异。位点g.1554787T＞C和g.1554797G＞A与胸深和胫围上存在显著相关，位点g.1554891T＞C与胫围存在显著相关性，位点g.1554892G＞A与骨盆宽存在显著相关，位点g.1554964T＞G与胸深和胫长存在显著相关。另外除了位点g.1554779T＞G外，所有的SNP位点均与屠宰率之间存在显著相关。
Agouti基因;遗传多样性;变异位点;生产性能;太行鸡;品种选育
河北农业大学
硕士
动物遗传育种与繁殖
李祥龙
2013
中文
S831.2;S831.89
61
2013-12-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）