利用SSR分子标记研究大花序桉遗传结构
大花序桉(Eucaplyptus cloeziana)是培育中、大径锯材的优良树种，在我国南方生长良好，表现出很强的适应能力，是一种相当有加工利用前途的树种。本文采用SSR分子标记技术对广西林科院在玉林市林科所建立的大花序桉试验的19种源119个家系进行了群体遗传结构的分析，主要结论如下：
(1)采用植物基因组DNA试剂盒提取大花序桉总DNA，DNA的质量好，DNA得率高，OD260/OD280比值大部分在1.7～1.9之间，为进一步开展大花序桉在分子水平上的研究提供了基础。
(2)大花序桉SSR-PCR反应体系各参数浓度如下(10μL)：Buffer(1×)、dNTPs25μM、Taq酶1U、Mg2+(1.0，1.5或2.0mM)、Forwardprimer0.5μM、Reverse Primer0.5μM、模板DNA5ng、10pmol荧光dUTP。大花序桉SSR-PCR扩增程序为(降落程序)：
第一步在94℃时预变性4min；
第二步为一个20循环的过程，首先在94℃时变性30sec，然后在Tm+10℃到Tm℃时复性30sec，最后在72℃延伸1min，此步中每个循环降低0.5℃；
第三步为一个26循环的过程，首先在94℃时变性30sec，然后在Tm℃时退火30sec，最后在72℃时延伸1min；
第四步在72℃时延伸10min；
第五步4℃保存。
(3)从40对SSR引物中共挑选出13对引物作为大花序桉群体结构分析SSR-PCR反应的最终引物，13对引物分别为(eSSR0952、eSSR0984，eSSR1145n2，eSSR0850、eSSR0035n、eSSR0620、eSSR0599、eSSR02760、eSSR1087n、eSSR712(a)、Embra8、Embra40、Embra100)。
(4)家系水平上，119个家系平均有效等位基因数Ne为6.6843，Shannon多样性指数平均值为2.1207，13个位点的固定指数均大于0，平均值为0.3815，说明大花序桉19个种源杂合体不足。期望杂合度的值在0.5446到0.9182之间，平均值为0.8239；观察杂合度的值在0.2577到0.7188之间，平均值为0.4831。观察杂合度值与期望杂合度值存在一定差异，说明连锁不平衡存在。
(5)种源水平上，用13对SSR引物检测19个种源，shannon信息指数平均值为1.2501，Nei基因多样度平均值为0.6490，期望杂合度的值在0.62826到0.8263之间，平均值为0.6948；观察杂合度的值在0.3846到0.6667之间，平均值为0.4574。
(6)基因分化系数(Fst)在不同位点有较大的差异，变化范围为0.1511～0.2885，群体平均基因分化系数为0.2065，即有20.65％的遗传变异存在于种源之间，而大部分变异(79.35％)存在于种源内。
(7)采用软件POPGENE32按Nei&Li的方法计算相似性系数和遗传距离，19个种源遗传相似度在0.2569到0.8770之间，遗传相似度在种源19488与种源20725之间最大，在种源20732与种源20723之间最小，平均遗传相似度为0.5708。19个种源的遗传距离介于0.1313到1.3591之间，与遗传相似度相反，遗传距离在种源19488与种源20725之间最小，在种源20732与种源20723之间最大，平均遗传距离为0.5607。用类平均聚类法构建聚类树状图，19个种源被分为4大类，第一类：19155、20730、20729、20727、199157、20732；第二类：20728；第三类：19488、20725、20720、19314、20722、20726、20721、20724、20733、20723、20734；第四类：20735。
大花序桉;遗传结构;SSR分子标记;适应能力
广西大学
硕士
林木遗传育种
项东云
2012
中文
S718.46;S792.39
70
2012-11-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）