建立斑马鱼野生型品系鉴定标准及寻找暨初步分析斑马鱼长非编码RNA
斑马鱼是一种新兴的模式脊椎动物，在遗传发育研究方面具有独特的优势。目前国内外常用的斑马鱼品系个体在形态、大小上十分相似，不易区分，同时又缺乏可检测的生物学标记。因此，在日常实验中很容易造成品系之间的污染。而在生物医学研究中，实验动物的质量对实验结果的可比性、可重复性和准确性有着重要影响。实验动物遗传监测是评定和保证实验动物质量的一项常规且重要的工作。本研究选取了大量微卫星分子标记，选用实验室自行饲养的AB, TU, WIK品系和从北京花鸟市场购买并经过4代以上近交而形成的LF候选品系(以下简称为4个不同品系)作为实验材料，通过PCR实验，经3％或4％琼脂糖凝胶电泳检测，根据电泳结果的不同条带(包括:条带的数目、条带的大小)，筛选出3对可区分鉴定这些品系的微卫星标记引物。3对引物分别命名为:z3782，z4299,z242440z3782，z4299，z24244，这3对微卫星标记引物可以同时区分AB, TU, WIK和LF4个品系的斑马鱼。实验中用此3对微卫星标记引物，对不同来源的同一品系的斑马鱼进行鉴定，其实验结果的稳定性和重复性都很高。因此，3个微卫星DNA具有稳定扩增效果在AB, TIJ, WIK和LF4种不同品系之间表现显著多态性。鉴定实验用斑马鱼的AB, TU, WIK和LF4种品系可以利用这三个微卫星分子标记来区分。这一结果为实验用斑马鱼常见品系的鉴定提供了一个简单易行的参考标准。非编码RNA( non-coding RNA)缩写为ncRNA，是指一类没有开放阅读框，不编码蛋白质的RNA分子。其中包括rRNA, tRNA snRNA, snoRNA和microRNA等多种己知功能的RNA，还包括未知功能的RNA。这些RNA的共同特点是都能从基因组上转录而来，但是不翻译成蛋白，在RNA水平上就能行使各自的生物学功能了.大于500 nt的mRNA-like的非编码RNA，广泛存在于各个物种中，绝大多数由RNA聚合酶转录并经可变剪接而来，它们同样具有G帽子和poly(A)尾结构。一些研究表明许多mRNA-like ncRNA具有时空表达特异性，提示它们在特定的生物学过程中起作用。本实验重点研究的是mRNA-like ncRNA在斑马鱼胚胎发育过程中的时空表达特异性。本研究中我们对所有的斑马鱼mRNA-like ncRNA进行各种生物信息学的筛选。我们通过总结和完善对mRNA-like ncRNA筛选条件，降低了实验结果的假阳性率。通过引物设计和PCR扩增，电泳检测和核昔酸测序检测，我们成功的扩增出2个mRNA-like ncRNA基因。我们对扩增出的2个mRNA-like ncRNA基因进行进一步研究，首先通过半定量的RT-PCR实验，初步分析这2个基因的时间表达特异性;再通过分子克隆、合成RNA探针、原位杂交技术等，对2个mRNA-like ncRNA基因在斑马鱼胚胎发育过程中的时空表达特异性进行研究。半定量的RT-PCR实验结果与原位杂交实验结果综合分析，表明:＃7,＃20两个mRNA-like ncRNA基因在斑马鱼胚胎发育中均有时空的特异性表达。本研究结果一方面为研究胚胎发育的研究领域拓宽了思路，另一方面为研究斑马鱼mRNA-likencRNA基因的下一步功能性奠定了基础。
清华大学医学部;北京协和医学院;中国医学科学院
硕士
动物学
孙德明
2010
中文
Q959.4
66
2010-12-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）