基于DArT技术的大黄鱼生长相关分子标记筛选
大黄鱼(Larimichthys crocea,Largeyellow croaker)是我国主要的海产经济鱼类。主要产于我国浙江、福建、广东沿海。近二十年来,由于过度捕捞,野生大黄鱼在我国频临绝迹。为了保护大黄鱼鱼种质资源和满足消费者需求,大黄鱼人工养殖活动逐渐展开。因多年未加选育的累代养殖,养殖大黄鱼生长缓慢,性早熟、免疫力低下,等,因此急需对养殖大黄鱼进行遗传改良。然而,大黄鱼经济性状,如生长、性别决定、抗病力、和抗逆性等大多数表现为数量性状。传统选育方法是依据表型进行选择,周期长、效率低,因此需利用分子标记技术从基因型层面,筛选与经济性状相关分子标记,辅助选育,以提高育种效率。其中生长作为重要的经济性状之一,可直接降低养殖成本和劳动力投入,有助于经济效益的提高。本研究构建了大黄鱼基因组文库,并采用分离群体分组分析法结合DArT技术筛选生长相关的特异性标记。主要研究结果如下: 以“东海1号”为实验材料,测量了199个个体的体长,最大值为16.30cm、最小值为11.50cm,均值为13.45cm,标准偏差1.3367,峰度为0.192,偏度为-0.210,Shapiro-Willie正态分布检验p=0.257,符合正态分布(p>0.05)。建立关于体长的正态分布图,取体长位于10%的高值个体记为“极端大群体”,10%低值个体记为“极端小群体”,用于与生长相关DArT标记的初步筛选。 使用7种基因组DNA复杂性降低方法(PstI/AluI、PstI/BanII、PstI/Bsp1286I、PstI/BstNI、PstI/HaeIII、PstI/RsaI、PstI/TaqI),并分别构建大黄鱼基因组文库。各文库库容分别为8×105,1×106、4×106、1.2×106、4×106、4×106、1.2×106,平均插入片段大小为886bp、691bp、820bp、607bp、623bp、765bp、721bp。因此,所构建的文库符合后续实验要求。 以7个文库各840个克隆为模板制作探针,点制高密度芯片。并对大黄鱼基因组的7种基因组DNA复杂性降低方法进行了多态性率的验证。结果由高到低依次为PstI/RsaI17.62%;PstI/TaqI16.67%;PstI/BstNI14.17%;PstI/BanII13.93%;PstI/HaeIII13.10%;PstI/Bsp1286I8.10%;PstI/AluI6.90%,验证数据表明PstI/RsaI降低大黄鱼基因组复杂性的效果最好,其次为PstI/TaqI。 从PstI/RsaI代表性片段文库中随机挑取3360个克隆,扩增其插入片段作为探针,点制成筛选型芯片。“极端大群体”与“极端小群体”分别进行杂交,对获得的荧光值采用模糊C-均值聚类分析法(模糊度为1.5)及ANOVA获得0或1标记,根据二元矩阵进行聚类分析,结果显示聚类关系与分组一致。从矩阵中筛选获得18个候选多态性片段,作为生长相关候选DArT标记。以上结果为后续进一步验证生长相关DArT标记奠定基础。 本实验为大黄鱼的遗传育种工作提供生物学理论支持,对于选育出生长性状优良的大黄鱼群体具有重要的理论与实践意义。
大黄鱼;多样性芯片技术;生长性状;特异性标记
宁波大学
硕士
水产养殖
李明云;陈炯
2014
中文
S917.4;S965.3
67
2015-08-17(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)