基于DArT技术的大黄鱼生长相关分子标记筛选
大黄鱼(Larimichthys crocea，Largeyellow croaker)是我国主要的海产经济鱼类。主要产于我国浙江、福建、广东沿海。近二十年来，由于过度捕捞，野生大黄鱼在我国频临绝迹。为了保护大黄鱼鱼种质资源和满足消费者需求，大黄鱼人工养殖活动逐渐展开。因多年未加选育的累代养殖，养殖大黄鱼生长缓慢，性早熟、免疫力低下，等，因此急需对养殖大黄鱼进行遗传改良。然而，大黄鱼经济性状，如生长、性别决定、抗病力、和抗逆性等大多数表现为数量性状。传统选育方法是依据表型进行选择，周期长、效率低，因此需利用分子标记技术从基因型层面，筛选与经济性状相关分子标记，辅助选育，以提高育种效率。其中生长作为重要的经济性状之一，可直接降低养殖成本和劳动力投入，有助于经济效益的提高。本研究构建了大黄鱼基因组文库，并采用分离群体分组分析法结合DArT技术筛选生长相关的特异性标记。主要研究结果如下： 以“东海1号”为实验材料，测量了199个个体的体长，最大值为16.30cm、最小值为11.50cm，均值为13.45cm，标准偏差1.3367，峰度为0.192，偏度为-0.210，Shapiro-Willie正态分布检验p=0.257，符合正态分布（p>0.05）。建立关于体长的正态分布图，取体长位于10％的高值个体记为“极端大群体”，10%低值个体记为“极端小群体”，用于与生长相关DArT标记的初步筛选。 使用7种基因组DNA复杂性降低方法（PstI/AluI、PstI/BanII、PstI/Bsp1286I、PstI/BstNI、PstI/HaeIII、PstI/RsaI、PstI/TaqI），并分别构建大黄鱼基因组文库。各文库库容分别为8×105，1×106、4×106、1.2×106、4×106、4×106、1.2×106，平均插入片段大小为886bp、691bp、820bp、607bp、623bp、765bp、721bp。因此，所构建的文库符合后续实验要求。 以7个文库各840个克隆为模板制作探针，点制高密度芯片。并对大黄鱼基因组的7种基因组DNA复杂性降低方法进行了多态性率的验证。结果由高到低依次为PstI/RsaI17.62%；PstI/TaqI16.67%；PstI/BstNI14.17%；PstI/BanII13.93%；PstI/HaeIII13.10%；PstI/Bsp1286I8.10%；PstI/AluI6.90%，验证数据表明PstI/RsaI降低大黄鱼基因组复杂性的效果最好，其次为PstI/TaqI。 从PstI/RsaI代表性片段文库中随机挑取3360个克隆，扩增其插入片段作为探针，点制成筛选型芯片。“极端大群体”与“极端小群体”分别进行杂交，对获得的荧光值采用模糊C-均值聚类分析法(模糊度为1.5)及ANOVA获得0或1标记，根据二元矩阵进行聚类分析，结果显示聚类关系与分组一致。从矩阵中筛选获得18个候选多态性片段，作为生长相关候选DArT标记。以上结果为后续进一步验证生长相关DArT标记奠定基础。 本实验为大黄鱼的遗传育种工作提供生物学理论支持，对于选育出生长性状优良的大黄鱼群体具有重要的理论与实践意义。
大黄鱼;多样性芯片技术;生长性状;特异性标记
宁波大学
硕士
水产养殖
李明云;陈炯
2014
中文
S917.4;S965.3
67
2015-08-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）