基于癌细胞基因表达信息的通路分析
调控细胞增殖、细胞周期进程和细胞凋亡的生物学通路上发生变异往往会导致癌症的发生。突变通路大多会导致成员基因表达水平的改变，而这些生物学通路中大都具有癌症特异性，需要本研究进一步分析。本文通过基因表达数据，结合突变数据，分析了在癌症中发生改变的通路。 首先，通过对癌症基因组图谱（TCGA）数据库中直肠腺癌（READ）等22种癌症类型的基因表达数据进行分析，6个在癌症中发生的生物学机制尚不清晰的且与多种癌症相关的通路被识别出来：细胞因子与细胞因子受体相互作用（CCRI）、神经活性配体-受体相互作用（NLRI）、ECM-receptor interaction、血管平滑肌收缩（VSMC）、Axon guidance和Melanogenesis通路。然后通过获取这些癌症的单核苷酸变异（SNV）和拷贝数变异（CNV）数据,本文分析出了这6个生物学通路在READ等22种癌症上的驱动突变，验证了这些通路与癌症的相关性。并发现：CCRI通路是这6个通路中发生驱动突变最频繁和驱动突变数量最多的生物学通路，EGFR是该通路上最常突变的驱动基因，EGFR在食管癌（ESCA）上突变最频繁；这些通路在肺鳞癌（LUSC）、直肠腺癌（READ）和肺腺癌（LUAD）上发生驱动突变最频繁；这些通路在各癌症上最常突变的两个驱动基因要么存在极强的突变互斥性，要么存在极强的突变共现性。 综上，本文发现了6个在癌症中出现表达异常的通路，验证了这些通路与癌症的相关性，并且分析了这些通路上的突变特征。
癌细胞;基因表达信息;通路分析
东南大学
硕士
生物物理学
刘宏德
2020
中文
R730.2
2021-09-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）