海洋细菌YCWB25分类鉴定及基因组分析
微生物是海洋生态系统的重要环节，我国近海海洋生态环境多样，因此形成了种类繁多，代谢方式和功能多样的微生物资源。分离鉴定和保存这些微生物资源是推动生命科学和生命技术进一步发展的物质前提，也是推动国家经济和社会可持续发展的重要的战略性资源的重要组成部分。本文在对近海微生物资源整理的基础上，重点对分离自即墨盐池的一株细菌进行了分类鉴定和基因组研究工作。YCWB25分离自即墨盐池（0m，120.82°E，36.50°N），其16S rRNA序列分析结果显示其与现获得承认的菌株同源性在95％左右，在其分类鉴定研究过程中，经多次分离传代，从其中分离出一株细菌，该细菌16S rRNA基因序列与YCWB25原始菌株完全一致、但表型具有显著差异，针对这两株细菌（分别标记为YCWB25，YCWB25-2）进一步进行了转录组差异分析。 本研究主要内容包括：⑴菌株YCWB25T分离自山东青岛即墨大桥盐池沉积物样本中，16S rRNA序列分析显示，菌株 YCWB25T与Rhodobacteraceaee科中的玫瑰进化枝（Roseobacter clade）亲缘关系较近，相似性在95%左右，且与已知菌株均存在较大差异。不能将其归到任何已知的属种，结合各种化学分类，生理生化以及系统发育的特征可知，菌株YCWB25T为Roseobacter进化枝的一个新种属，菌株YCWB25T指定为模式菌株，建议命名为Salinovum rubellum gen. nov.sp.nov.。已保存在比利时微生物保藏管理中心和荷兰细菌保藏中心，保藏号分别为LMG25394T及NCCB100318T。⑵对菌株YCWB25的总DNA进行 Illumina HiSeqTM4000双末端测序，将测序结果其de novo测序得到的转录组上，得到3026526600nt数据。组装后获得3873个Unigene，总长度达到2703969052nt，平均长度为903nt。注释到COG、KEGG、GO库的Unigene分别为1806个、2093个、2219个。⑶菌株YCWB25和YCWB25-2的转录组差异性比较。菌株YCWB25和YCWB25-2通过转录组测序，本文将这两株菌进行了基因的表达差异检测，进一步对相关基因进行功能及代谢途径等方面进行了研究。基于RPKM法，样品YCWB25-2对YCWB25有16个基因上调，276个基因下调，这些差异基因中，共有23个基因具有GO注释基因，有6个基因注释到Function Orthology信息，有12个基因注释到 Process Orthology信息，有5个基因注释到 Component Orthology信息。
水生微生物;海洋细菌;微生物鉴定;基因表达
国家海洋局第一海洋研究所
硕士
海洋生物学
曲凌云
2016
中文
Q938.8;Q786
80
2016-11-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）