10.7505/j.issn.1007-9084.2014.05.001
芸薹属AC基因组中VIT基因家族的鉴定与进化
为了解液泡铁离子转运蛋白(vacuolar iron transporter,VIT)编码基因在芸薹属作物中的进化关系,在已完成的拟南芥、白菜、甘蓝以及甘蓝型油菜全基因组测序基础上,利用HMMER软件根据VIT保守的结构域对拟南芥、白菜、甘蓝和甘蓝型油菜全基因组的蛋白质序列进行同源检索,在四个物种中分别鉴定得到了9个、13个、12个和14个VIT候选基因;并且系统发育分析显示,VIT基因家族在四个物种可分为3类.VIT基因的启动子区域富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境应答相关顺式作用元件.蛋白质特性分析结果表明VIT结构域中具有多个保守的疏水氨基酸位点.表达谱分析显示所有VIT基因在所选取的组织中都有不同程度的表达.同时,线性对应的同源基因表达模式既有相似之处,又存在分化,而串联重复基因簇表达模式基本一致.
白菜、甘蓝、甘蓝型油菜、全基因组、液泡铁离子转运蛋白、进化分析
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S565.403(经济作物)
国家重点基础研究发展计划973计划2011CB109300;国家863计划2013AA102602;湖北农业科技创新中心项目;国家自然科学基金31301039
2014-11-28(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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