10.3969/j.issn.2095-2783.2016.12.022
SNP 芯片基因型填充至测序数据的策略
根据畜禽基因组信息，模拟了1条染色体测序数据、中密度和高密度 SNP 芯片数据。利用 Beagle 和 FImpute 将 SNP 芯片填充至测序数据，提出了一步法和两步法2种填充策略。结果表明，直接将中密度芯片填充至测序数据的一步法策略填充准确性较低，当公畜为参考群体时，两步法策略将后裔填充准确性由一步法时的0．691提高至0．863；当不同规模母畜为参考群体时，一步法策略下半同胞填充准确性为0．553～0．664，而两步法策略则大幅度提高到0．832～0．866。随着参考群体的增加， SNP 芯片到测序数据的填充准确性可进一步提高，同样亲缘关系也有助于填充准确性提高。一步法填充策略下，Beagle 填充准确性低于 FImpute，但随着参考群体的扩大，差距逐步缩小，而在两步法策略下，Beagle 与 FImpute 基因型填充准确性没有显著差异。
动物遗传育种与繁殖、SNP 芯片、基因型填充、测序数据、一步法、两步法
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S823.91;Q38(家畜)
高等学校博士学科点专项科研基金资助项目20110008110001；国家现代农业产业技术体系生猪产业技术体系资助项目CARS-36；北京市科技计划项目D15110004615004
2016-09-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共6页
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