结膜吸吮线虫巨噬细胞迁移抑制因子的生物信息学分析
目的 运用生物信息学方法预测分析结膜吸吮线虫MIF蛋白的结构与功能.方法 基于结膜吸吮线虫转录组数据库筛选出MIF基因并进行PCR验证;利用在线软件Expasy分析该基因编码Tcp-MIF蛋白的理化性质和亲疏水性;利用HMMTOP version 2.0和SignalP 4.1 server分别预测Tcp-MIF蛋白的跨膜结构域以及信号肽;运用Net-Phos、NCBI-Conserved domains、SOPMA、SWISS-MODEL、IEDB在线程序分别预测 Tcp-MIF 蛋白潜在的磷酸化位点、保守域结构、蛋白二级、三级结构及其抗原表位;对其编码的氨基酸序列进行同源比对,利用MEGA X软件构建系统进化树,通过STRING数据库对其蛋白互作网络进行预测.结果 Tcp-MIF基因全长620 bp,开放阅读框为345 bp,编码115个氨基酸;无信号肽和跨膜结构域,蛋白局部亲水性好,有潜在的磷酸化位点和保守域结构,具有α螺旋、β折叠结构和互变异构酶活性.推测其有4个抗原表位,在STRING数据库共鉴定出包括10个基因在内的21个互作关系.结论 生物信息学预测结膜吸吮线虫MIF蛋白基因并对其编码蛋白存在潜在的抗原表位区域,具有多个磷酸化位点,可为结膜吸吮线虫感染疫苗的研发提供理论基础.
结膜吸吮线虫、MIF、序列分析、功能蛋白
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R383(医学寄生虫学)
国家自然科学基金;国家自然科学基金;贵州省科技厅科技基金;黔南民族医学高等专科学校科研基金资助项目
2022-08-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共6页
790-795
