2019年云南省埃可病毒18型分离株的全基因组分析
目的 对2019年云南省埃可病毒18型(E-18)的分离株K88R3-19进行全基因组序列测定及分析,了解其进化和变异特性.方法 利用RD、Vero和KMB17细胞分离病毒,提取病毒RNA,RT-PCR扩增全基因,并测序拼接获得全基因组序列.利用Mega 5.05、Geneious Basic 5.4.1和SimPlot 3.5.1等软件分析全基因组序列.结果 K88R3-19株全基因组序列长度为7422 bp,编码含2190个氨基酸的多聚蛋白.K88R3-19与E18/LJ/0601/2019全基因组核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为97.6％和99.2％;与其他E-18毒株的核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为79.7％～86.1％和95.8％～97.7％;与其他E18毒株的各区段核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为72.7％～98.5％和91.9％～100％,其中与中国株VP1-VP4区段核苷酸的一致性为89.8％～98.7％.基于E18全长VP1序列的种系进化分析可将E18分为1-6个基因型,其中5基因型可再分为5-1～5-33个基因亚型.中国E-18流行株主要聚集在5-3基因亚型.K88R3-19株较其他E-18株在VP1氨基酸序列上有2个独特突变:第2和28位点分别由D→V和V→A.结论 K88R3-19分离株为5-3基因亚型,为2019年中国大陆流行株.
埃可病毒18型;序列分析;种系发生
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R373(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)
重大科技专项计划No.202002AA100009
2021-10-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共5页
888-892
