10.3779/j.issn.1009-3419.2022.105.02
RTN1在肺腺癌中表达及对免疫微环境的影响
背景与目的 网状体家族基因1(Reticulon family gene 1,RTN1)是一种与内质网相关的网状体编码基因.RTN1在神经内分泌细胞的膜运输或神经内分泌分泌中起关键作用,同时RTN1可作为有神经内分泌成分的恶性肿瘤的潜在诊断/治疗标志物.然而在肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)患者中RTN1的表达情况及其对免疫微环境影响均未有报道.本研究旨在使用公共数据库和生物信息学网络工具研究RTN1在肺腺癌中的表达及其与肺腺癌中免疫浸润和存活的相关性.方法 使用Tumor Immune Estimation Resource 2.0(TIMER 2.0)和Gene Expression Profiling Interactive Analysis 2(GEPIA 2)分析肿瘤和正常组织中RTN1 mRNA的表达水平.使用人类蛋白质图谱检查RTN1蛋白质表达.利用GEPIA2在线工具分析癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中RTN1的临床预后意义.为了进一步确认RTN1的潜在功能,使用基因集富集分析对数据进行了分析.此外,我们对来自肿瘤免疫单细胞中心(Tumor Immune Single-cell Hub,TISCH)数据库的两个数据集在单细胞测序水平上进行降维聚类分析,观察RTN1在不同种类免疫细胞的细胞聚类.使用TIMER在线工具分析预测TCGA队列肺腺癌患者免疫微环境中不同种类免疫细胞浸润丰度;使用TIMER和CIBERSORT研究与RTN1共表达基因和其相关肿瘤浸润免疫细胞之间的关系;最后,使用TIMER分析RTN1与免疫检查点之间的相关性.结果 我们发现LUAD患者的RTN1表达降低,且与患者的预后密切相关.RTN1参与吞噬体的形成、造血细胞形成和细胞黏附的过程,对T细胞活化起着重要作用,使用cBioPortal与TCGA数据来分析,发现RTN1与BTK、CD4、ECSF1R、MNDA、NCKAP1L和SNX20显著相关.以上基因高表达可能会引起CD4+T细胞、肥大细胞、单核细胞、髓样树突状细胞和M1型巨噬细胞显著上调.并且,RTN1表达与常见免疫检查点CD274、CTLA4、HAVCR2、LAG3、PDCD1、PDCD1LG2、TIGIT、SIGLEC15密切相关.结论 RTN1作为一种肿瘤抑制基因并可能与更好的预后相关.此外,RTN1与可能参与免疫治疗反应的免疫浸润有关.但与其相关的机制需要进一步的研究.
肺腺癌、免疫治疗、RTN1、预后、免疫微环境
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R735.2;TP311;Q98
国家自然科学基金No.82172776
2022-06-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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