10.3969/j.issn.1000-2561.2019.10.012
甘薯近缘野生种Ipomoea Littoralis全基因组Survey分析
Ipomoea littoralis是甘薯的近缘野生种之一,对其全基因组的研究可为甘薯种质资源的创新提供参考,同时为全基因组精细图谱的绘制打下基础.本研究通过二代高通量测序技术(Illumina Hiseq 2500),测序深度约为60?,经过滤后得到22.45 G数据,结合生物信息学手段估算基因组大小、杂合率、重复序列和GC含量等基因组特征.预估基因组大小经修正后为676.27 Mb.K-mer分析结果得出I.littoralis基因组中重复序列所占比率为60.98％,杂合率为0.81％;初步组装结果,contigs N50为0.684 kb,总读长为0.538 Gb,scaffolds N50为12.09 kb,总读长为0.602 Gb;GC平均深度及含量分布出现分层现象.本研究首次报道I.littoralis的基因组特征信息,为进一步全基因组深度测序提供参考.
甘薯、基因组调查、Ipomoealittoralis、种质资源
40
S531(薯类作物)
国家甘薯产业技术体系资源评价岗项目CARS -10-B1-2017;国家自然科学基金项目31461143017;海南省重点研发计划项目ZDYF2019030
2019-11-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共5页
2001-2005
