10.12160/j.issn.1672-5190.2021.04.007
绵羊不同妊娠时期卵巢转录组差异表达比较分析
[目的]探究随着绵羊体内胎儿的发育,母体卵巢转录组表达水平的变化.[方法]试验绵羊为苏格兰黑面羊和特克赛尔羊F1代杂交品种,3个妊娠时间分别为妊娠23 d、妊娠35 d和妊娠100 d.从NCBI的高通量测序数据SRA存储库下载3个妊娠时期绵羊卵巢转录组的18个样本数据.使用Z-Score方法对转录组数据进行标准化处理.将妊娠23 d、妊娠35 d的绵羊卵巢组织进行比对,妊娠35 d、妊娠100d的绵羊卵巢组织进行比对,使用R语言的limma包进行基因差异表达分析,筛选DEGs,以P-Value＜0.05和|logFC|≥2作为筛选DEGs条件.利用DAVID在线软件对DEGs进行注释及功能富集分析,并以P-Value＜0.05作为信号通路显著富集标志.[结果]在妊娠23 d与妊娠35 d组绵羊卵巢中筛选出54个DEGs,妊娠35 d与妊娠100 d组绵羊卵巢中筛选出68个DEGs,两组均包含HSP90AA41、HSP90AB1、MMP2和HSP90B1基因.妊娠23 d与35d组绵羊卵巢的54个DEGs显著富集到包括内质网蛋白质加工信号通路、核糖体信号通路、雌激素信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路、扩张型心肌病信号通路、肥厚型心肌病信号通路6条通路;妊娠35d、妊娠100d组绵羊卵巢的68个DEGs显著富集到包括癌症相关信号通路、黏着斑信号通路、抗原加工与提呈信号通路、细胞外基质受体相互作用信号通路、细菌侵袭上皮细胞信号通路、内质网蛋白质加工信号通路、核糖体信号通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路和前列腺癌信号通路11条通路.[结论]在妊娠期间雌激素信号通路上的HSP90AA1、HSP90AB1、MMP2和HSP90B1基因表达有很大变化,这些基因可能对绵羊妊娠维持有着重要的作用.
绵羊;转录组;妊娠;卵巢
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S826(家畜)
内蒙古自治区重大科技专项"蒙古羊优异特色基因的挖掘与综合利用"2020ZD0003
2021-09-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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