10.12160/j.issn.1672-5190.2021.04.001
APAP急性肝损伤小鼠肝脏组织转录组RNA-seq及相关信号通路分析
[目的]筛选与对乙酰氨基酚(acetaminophen,APAP)诱导的急性肝损伤发生发展相关的基因和关键信号通路.[方法]建立C57BL/6J小鼠APAP急性肝损伤模型.构建正常小鼠肝脏组织样本和APAP急性肝损伤小鼠损伤后第2天肝脏组织样本的2个cDNA文库,进行转录组测序.对获得的转录组测序数据进行组装及功能注释.使用DESeqR包(1.10.0)分析具有生物学重复的差异基因的表达,利用KOBAS软件确定KEGG信号通路中差异表达基因的静态富集.[结果]APAP急性肝损伤小鼠损伤后第2天与正常小鼠肝脏组织转录组相比,共有7 270个DEGs,包括3 707个显著(P＜0.05)上调表达基因和3 563个显著(P＜0.05)下调表达基因.在所有显著上调表达基因中,表达量变化幅度较大的是Col1a1、Gsta1、S100a6基因;在所有显著下调表达基因中,差异表达量位于前3位的基因是Slc1a2、Glul、Acaa1b.共有2 515个DEGs在316个不同的KEGG通路中富集,显著上调表达基因富集的信号通路主要是趋化因子信号通路、B细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路、ECM受体相互作用信号通路等免疫和炎症相关信号通路,显著下调表达基因富集的信号通路主要是氧化磷酸化、脂肪酸降解、脂肪酸代谢、碳代谢等合成代谢信号通路.[结论]在APAP急性肝损伤过程中涉及多个信号通路的参与,趋化因子信号通路和ECM受体交互作用信号通路可能是急性损伤期中发挥主要作用的信号通路.
急性肝损伤;转录组;高通量测序;信号通路
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R965.1;R575(药理学)
内蒙古自治区科技计划项目;内蒙古医科大学2021年大学生科技创新"英才培育"项目
2021-09-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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