药用植物益智的基因组调研及SSR分子标记开发
益智是中国著名的"四大南药"之一,也是海南省道地药材.本研究以Illumina高通量测序技术为基础,通过益智样品的基因组DNA构建350 bp文库,采用Kmer分析方法分析益智基因组大小、重复序列比例和杂合率;采用MISA方法分析可能的SSR分子标记;利用与NT库(Nucleotide Database)进行BLAST比对,分析益智物种多样性.结果显示:益智的基因组大小为2.06 Gb,重复序列比例为77.94％,基因组杂合度为0.38％;在基因组序列中,进行SSR分子标记分析,共鉴定出了 409 474个SSR,其中,单、双、三核苷酸重复模体的比例较高,分别占比68.16％、19.66％、10.68％;为分析益智的物种多样性,在测序构建的350 bp小文库中,任意筛选10 000条单端reads与NCBI核酸数据库比对,发现在已公布的序列信息的物种中,小豆蔻(Elettaria cardamomium)和艳山姜(Alpinia zerumbet)上的reads匹配率较高,分别占比15.96％和10.44％.该研究表明,南药益智的基因组属于大基因组,高重复的复杂基因组结构特征;同时,也为益智的资源保护和遗传多样性分析及品种选育提供了遗传信息支撑.
高通量测序、益智、基因组调研、遗传信息
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S512.1;S759.82;S602.4
国家自然科学基金;湖北医药学院高层次人才启金项目;湖北医药学院高层次人才启金项目;湖北医药学院教学研究课题;湖北省卫生健康委员会项目
2022-12-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共6页
6818-6823
