基于转录组测序的核桃(Juglans regia L.)SSR标记开发
本研究通过高通量测序技术结合MISA软件分析核桃转录组中SSR的分布类型及特点.通过Primer 3设计得到426对SSR引物,以来源于新疆林业科学院的10份核桃种质对随机合成的10对引物进行多态性筛选,并对核桃转录组数据进行了SSR位点搜索和分析,继而开发SSR标记.利用MISA软件在132 154条Unigenes共检测出63 400个SSR位点,分布于47 169条Unigene中,出现频率为47.97％,平均分布距离为2.55 kb.优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的55.73％,34.48％和8.63％.二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占二核苷酸重复的64.77％,三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主.10对引物进行多态性验证分析结果显示:8对有效扩增引物中,7对引物在10份不同核桃种质中表现出多态性.以上结果表明,核桃转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源.开发的大批量SSR标记可为核桃种质资源遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择.
核桃(Juglans regia L.)、转录组、SSR标记开发
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S565.1;S641.3;Q943
国家自然科学基金;国家科技重大专项
2019-12-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共7页
6736-6742
