萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装
为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系,本研究对4个萝卜雄性不育系及1个雄性不育保持系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装.测序采用PE90策略,获得Cleandata l.2 G.通过数据过滤、计算测序深度及Kmer频度分析,确定了组装的mer值及覆盖度参数.我们先用Cleandata组装叶绿体基因组,再用过滤的数据组装线粒体基因组,最后利用Sanger测序填补Gap得到各基因组全长.结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在153 352～153 445bp之间,线粒体基因组长度在239 696～258 853 bp之间,均包括1个LSC,1个SSC及1对反向重复序列.基因注释结果表明叶绿体基因组编码了87个蛋白基因、20个tRNA基因及4个rRNA基因,线粒体基因组则编码了82个蛋白基因,17个tRNA基因及3个rRNA基因.
萝卜、线粒体、叶绿体、基因组、测序与组装、Kmer分析
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本研究由山东省自然科学基金ZR2015YL054和山东省农业良种产业化开发项目共同资助
2016-01-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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