10.3969/j.issn.2095-2163.2019.01.001
基于de Bruijn图的基因组索引结构设计
随着高通量测序技术的快速发展和测序成本的逐渐降低,个体基因组测序已成为研究不同物种的基因型、变异情况和相关疾病的重要手段.然而,由于基因组上的大量重复序列和高变异区域,日益增大的测序数据量以及测序技术的局限等因素,如何准确且快速地将大量测序数据比对到参考基因组面临巨大挑战.阐述基于哈希思想的基因组数据的存储和索引方法.本文说明基于seed-and-extension思想的基本比对思路.本文提出一个基于de Bruijn图模型的索引结构DBG-index以及该索引的3层结构数据存储方式.分析该索引结构的特性并提出种子的基本操作方法.该索引结构利用图模型特性可以有效组织基因组上的重复序列,从而在整体上减少了候选种子数量并极大提高了比对速度.
基因组、索引、序列映射、deBruijn图
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TP391.2(计算技术、计算机技术)
国家重点研发计划2017YFC0907503
2019-02-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共6页
1-5,13
