10.11748/bjmy.issn.1006-1703.2023.07.022
PALB2是一种与乳腺癌免疫浸润相关的预后生物标志物
目的 分析PALB2在乳腺癌组织中的表达及其临床意义.方法 通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载乳腺体癌患者的STAR-Counts数据、临床资料,获得了表达数据59427个和临床数据(1086个肿瘤样本).TIMER数据库分析泛癌中PALB2基因表达情况.根据临床数据排除临床病理参数缺失的患者,留下1113例乳腺癌组织和113例癌旁组织的PALB2 mRNA表达进行差异分析、配对差异分析.绘制Kaplan-Meier生存曲线和ROC曲线,分析PALB2 mRNA表达与预后的关系,绘制生存列线图.使用GSEA软件进行GO、KEGG、GSEA富集分析,探讨PALB2在乳腺癌进展中的作用.对样本进行机制评分和免疫评分,观察肿瘤微环境的得分在高、低表达组之间是否具有差异.使用肿瘤免疫估计资源(TIMER https://cistrome.shinyapps.io/timer/),评估不同组中PALB2与免疫检查点之间的关系,进一步分析PALB2对乳腺癌的影响,指导临床免疫治疗.基于药物基因组学数据库(GDSC,https://www.cancerrxgene.org/),预测药物敏感性.结果 通过TIMER数据库检测PALB2在33种癌组织中的表达差异情况,发现PALB2在乳腺浸润癌(BRCA)、胆管癌(CHOL)、结肠癌(COAD)等10种恶性肿瘤中上调(P<0.01).乳腺癌肿瘤组织中PALB2表达量显著高于癌旁组织.Kaplan-Meier生存曲线分析发现,高表达组总生存期(OS)及无进展生存期(PFS)均明显低于低表达组.ROC曲线分析发现,PALB2表达预测1、3、5年生存概率的曲线下面积(AUC)分别为0.508、0.466、0.508.PALB2 mRNA的表达量在年龄分组、T分期、M分期中差异无统计学意义.在N分期中,PALB2 mRNA的表达量在N3与N0、N1和N2之间差异具有统计学意义.PALB2与CCP110、C16orf72、NFATC2IP、DHX9等25个基因均具有共表达的关系.C22orf31、GAS2L1P2、SMCR等基因表达在PALB2的高、低表组中差异具有统计学意义.通过GSEA富集分析可见,补体和凝血级联、神经活性配体受体相互作用、PPAR信号通路、朊病毒疾病信号通路在PALB2的低表达组活跃、核糖体信号通路在PALB2的高、低表达组均活跃.通过肿瘤微环境差异分析,显示基质评分、免疫评分、综合评分在PALB2基因的高、低表达组差异具有统计学意义.根据药物敏感性分析,结果显示5-氟尿嘧啶、Cyclopamine、Methotrexate(甲氨蝶呤)等药物的敏感性在PALB2基因的高低表达组之间差异具有统计学意义.免疫治疗分析结果显示,低表达组接受免疫治疗的效果优于高表达组.结论 PALB2在乳腺癌组织中表达明显上调,其高表达预示乳腺癌患者预后不佳,PALB2可作为影响乳腺癌患者预后的一种生物学标志物,并作为潜在的治疗靶点.
乳腺癌、PALB2、癌症基因组图谱数据库、预后
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R737.9(肿瘤学)
湖南省卫生健康委科研项目;湖南省中医药科研计划项目;湖南省临床医疗技术创新引导项目
2023-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共13页
1187-1199
