基于高斯曲率的蛋白质嵌入到对称低温电镜密度图的方法
为了解决低温电镜三维重构得到的对称生物大分子三维结构分辨率低的问题,提出一种新的基于高斯曲率计算的自动化的方法.通过计算生物分子表面的高斯曲率和优化模型等数学方法把单个蛋白质或其他亚基嵌入到对称的低温电镜密度图中,通过计算蛋白质和对称低温电镜密度图的离散高斯曲率来定义特征点,对低温电镜密度图,利用K-means分类来定义相应的特征点.用均方根偏差值、曲率的交叉关联系数和优化模型来匹配对应的特征点,用最小二乘法计算旋转矩阵和平移向量.最后,用同样的方法把其他部分也嵌入到对称的生物大分子中.给出了椭球体x2+ y22 + z23 =1的解析高斯曲率和数值计算的高斯曲率的比较、蛋白质1DOR的高斯曲率计算和特征点的计算结果、蛋白质1DOR和2REC的分子装配结果可视化.数值实验结果表明所提出来的一系列的方法是准确和有效的.
大分子结构、低温电镜、表面高斯曲率、优化模型
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Q819(生物工程学(生物技术))
国家重点研究发展计划资助项目2016YFC1000307,2016YFB0201304;国家自然科学基金资助项目21573274;国家重点研究发展计划子课题资助项目2016YFC1000307-10
2018-01-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共7页
1881-1887
