苯并吡喃酮类化合物与Skp2蛋白的分子识别及其抑制机理
S期激酶相关蛋白2(S-phase kinase-associated protein 2,Skp2)与Skp1形成的蛋白质聚合物在调控癌细胞生长周期中发挥着重要作用,而苯并吡喃酮类抑制剂(简称BPC)可有效抑制Skp1-Skp2的形成,但其分子识别机制尚不明确.通过生物信息学统计分析已报道的Skp1-Skp2晶体结构,确定模拟体系后,首先用同源模建对其模拟体系缺失的结构进行补全;然后用分子对接方法获得Skp1-Skp2-BPC复合物模型并用于后续分子动力学模拟.计算结果表明:疏水相互作用是促使BPC特异性结合在由Skp2 W109、D110、L117、I120、R138和W139所构成口袋中的主要驱动力,自由能计算值与实验数据吻合较好.Skp2结合BPC后,结合口袋周围的氢键网络有所加强,口袋附近的溶剂化水分子数量明显减少,导致Skp1-Skp2的体系稳定性下降.体系构象成簇与运动性分析显示,Skp1-Skp2在结合BPC抑制剂后,Skp1的运动更加剧烈,这可能是BPC主要的抑制机理.
S期激酶相关蛋白2、分子对接、分子动力学模拟、能量分解、药物设计
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R9(药学)
国家自然科学基金资助项目31600591,11247018;四川省科技厅应用基础资助项目2015JY0117;四川省教育厅重点科研资助项目17ZA0194,17ZA0092;乐山市科技计划资助项目14GZD022;天然产物化学与小分子催化四川省高校重点实验室开放基金资助项目TRCWYXFZCH201604,TRCWYXFZCH2016015
2018-01-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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1846-1856
